复旦高研院自2013年起进入转型升级发展阶段。高研院首先是大学的高研院，特别是要服务于复旦大学社会科学学科发展的需要，积极配合复旦大学建设世界一流大学的历史使命。高研院将把自己的目标放在挖掘自身科研价值，从学术交流平台转向真正的科学研究上，就是要致力于国际化和跨学科学术基础理论研究，致力于关系当代人类社会具有时代感和现实性的重大问题的研究，并要生产出有影响力的知识产品来。这就要求对办院模式的重新思考与再定位。
高研院的定位： 把高研院建成学术型思想库和政策研究型智库兼容的社会科学综合性科研机构，具有跨学科特色和国际化优势，既自主开展各种社会科学重大理论课题研究和国际学术交流和合作，解决全球和中国社会面临的重大理论和实践问题，推动中国社会科学发展和走向世界，又积极承接各类重大国家科研项目和社会科学项目，服务于国家建设的需要，为国家重大战略决策提供理论支持和政策建议，从而把高研院由目前的国际和国内学术交流平台提升为兼具国际化学术研究和国家社科科研项目研究为一体的科研机构。而迈向这一目标的关键便是要兼顾“专注学术研究，生产核心产品”与“服务于国家建设发展，服务于实践”。
充分发挥大学高研院的特殊功能
第一，世界高研院根基和依赖于大学，但在人财物有相对有利的保障，甚至较大力度的支持，在时间、人财物力和设施配备上，学校为专职研究人员提供有利于全身心投入研究和开展学术交流的条件，特别是强调社会科学理论和方法创新和突破，有利于在大学里培养一批高层次的、有国际影响力的优秀社会科学家和思想家，这也是世界大学里建立高研院的核心目标之一，也是建设国际一流大学的一个当然要求。
第二，强调跨学科研究、交流、合作，这是单一院系难以做到的。除了高研院的国际学术合作项目和研究员个人项目，高研院承接的国家重大科研项目、横向科研项目和国际合作项目，都应体现跨学科研究的优势。
第三，研究人员除了个人的学术研究，特别强调团队精神和集体研究项目合作，致力于国际化和跨学科学术理论研究，致力于关系当代人类社会具有时代感和现实性的重大问题的研究，并要通过集体努力生产出有影响力的知识产品来。
第四，高研院还注重聘请国内外最优秀的学者短期驻院研究，推动国内与国际学术界之间的学术交流与合作，为所在大学（复旦大学）国际化和国际学术机构合作提供一个优良的国际学术交流平台，为实现复旦大学建设国际一流大学发挥一般院系所不能发挥的重要作用。
第五，高研院还为所在大学学术环境和科研文化不断注射新能量，为提升学校整体学术水平、科研能力、国际出版物、吸引国际著名学者来访和驻院研究，提高复旦大学国际知名度、国内和国际影响力发挥重要作用。
第六，高研院还应该适度涉足公共和社会活动，举办有影响力的公共讲座、暑期讲习班及其他高级讲坛，为扩大复旦大学社会影响力发挥一般院系难以发挥的重要作用。
跨学科的界定
跨学科是国外大学为依托的高研院的一大特色。跨学科就是把两个和多个学科通过科研和教学活动整合在一起的科研过程或学术项目，通过跨越或超越学科界限和各种学术思想流派、不同学科的方法论、或学科技能，对科学或社会科学的一些单一学科难以解决的重大问题及其理论和方法的局限性进行挑战或修正，提出解决问题的新办法、新思路、或新理论，并可能逐渐创造或发展出新的学科类型或学科新增长点，也可能为科学和社会科学界提出新的理论问题。另一方面，虽然跨学科旨在克服学科专业化的局限性，跨学科研究也不可能摆脱良好的专业训练和依靠专家，否则，跨学科研究就没有了学科信息和领军人才，而且，跨学科的一个主要目的是把新的理论、新方法、新思路、新思想反馈回各学科，注入新的活力，促进学科向更深层次和更广阔的领域发展。所以，跨学科与学科发展其实应该是彼此相辅相成的。