高研院设有院长及院长助理组成的院长办公会议，负责高研院日常学术行政事务的决策、策划和组织。目前，高研院院长为教育部“长江学者”特聘教授、复旦大学特聘教授、Fudan Journal of the Humanities and Social Sciences主编郭苏建教授。

高研院设有由高研院正高级专职研究人员、复旦大学其他文科院系及校外著名学者组成的学术评鉴委员会，负责对高研院学术规划、发展思路、人才招聘等重大学术事务提供学术咨议。

高研院下设两个常规性研究项目：价值建构研究项目和制度建设研究项目。研究项目设项目主任一名，由高研院院长聘任；项目主任以本研究项目为单位组织日常学术活动、围绕“年度主题”开展学术研究和学术交流活动，并申报各类科研项目等。目前，高研院价值建构研究项目主任和制度建设研究项目主任分别由高研院副院长孙国东副教授和复旦大学国际关系与公共事务学院教授刘建军担任。

高研院下设学术联络中心，负责落实由院长办公会议、研究项目主任等布置的日常行政事务和学术事务。目前，高研院学术联络中心的负责人为舒彩霞老师。

挂靠高研院的校级研究机构有：

复旦大学当代中国研究中心，主任是刘建军教授。

网站：http://www.ccrc.fudan.edu.cn/main.htm

依托高研院的单位有：

Fudan Journal of the Humanities and Social Sciences编辑部，主编为郭苏建教授。

网站：http://www.fjhss.fudan.edu.cn