组织机构
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高研院设有院长、副院长、院长助理、办公室主任/副主任组成的院长办公会议，负责高研院日常学术行政事务的决策、策划和组织。目前，高研院院长为复旦大学特聘教授郭苏建教授。
高研院设有由正高级专职研究人员组成的学术委员会。 学术委员会是向高研院提供有关学科发展和建设中的重大事务决策咨询意见，承担高研院学术审定的机构。
高研院下设两个常规性研究项目：价值建构研究项目和制度建设研究项目。研究项目设项目主任一名，由高研院院长聘任。项目主任以本研究项目为单位组织日常学术活动，围绕“年度主题”开展学术研究和学术交流活动，并申报各类科研项目等。目前，高研院价值建构研究项目主任和制度建设研究项目主任分别由高研院副院长孙国东教授和复旦大学国际关系与公共事务学院教授刘建军担任。
高研院下设学术联络中心，负责落实由院长办公会议、研究项目主任等布置的日常行政事务和学术事务。目前，高研院学术联络中心的负责人为舒彩霞老师。
挂靠高研院的校级研究机构有：
复旦大学当代中国研究中心，主任是刘建军教授。